Obwohl sich der Fluss im Vergleich zu anderen Fließgewässern noch in einem guten Zustand befindet, nimmt die Zahl der Tiere ab. Die Fliegenfischervereinigung kümmert sich um den bedrohten Lebensraum.
„Im Vergleich zu Lebewesen in anderen Fließgewässern geht es unseren Fischen gut“, beschreibt Hans-Hubert Rieth, Vorsitzender der Fliegenfischervereinigung 1966 Wutachflühen, den aktuellen Gesundheitszustand der Tierwelt in der Wutach. Dennoch nehme auch in der Wutach der Bestand an Fischen und anderen Organismen ab, so Rieth.